非典型肺炎主要是由流感病毒、支原體、衣原體、腺病毒或其他較不尋常的微生物所引起的肺炎。

臨床表現雖有異於一般的細菌性肺炎，但卻有著類似的臨床表徵與病情，但病徵多變，有時並不太明顯。臨床診斷有時不易分辨出病者是否患上肺炎或支氣管炎，亦難以找出病源。非典型肺炎的病發期不定，病徵一般會維持10-14日。